Os Laboratórios do Colégio Sir Isaac Newton possibilitam o aprendizado de forma prática e são equipados com materiais de pesquisa e estudo modernos. As aulas em ambientes com infraestruturas adequadas para a experimentação instigam o interesse pela investigação científica e pela ampliação do conhecimento cultural, político e social, por isso, a prática é parte integrante da educação do Colégio Sir Isaac Newton.

No Laboratório de Matemática, por exemplo, os alunos utilizam jogos para resolverem problemas e desafios, compreendendo mais facilmente as regras e aprendendo a raciocinarem por analogias. Já no Laboratório de Ciências Sociais, o local é apropriado para debates, seminários e exposições sobre temas relevantes nacionais e internacionais, propiciando um conhecimento cultural crítico.

No Laboratório de Biologia, também são ministradas aulas com o professor e biólogo Del Nero, que criou e coordena o Projeto Pró Répteis (saiba mais na seção responsabilidade social), uma iniciativa original para abordar temas sérios como segurança e cuidados com os animais, manejo, reprodução e preservação de animais silvestres e também "exóticos".   

Na área de Informática, o Colégio Sir Isaac Newton conta com dois Laboratórios, que são utilizados, inclusive, para os cursos gratuitos aos pais de alunos. Os equipamentos são modernos, funcionam em rede e permitem aos alunos acompanharem as aulas com a utilização de recursos multimídia.

Os Laboratórios do Colégio Sir Isaac Newton:

Laboratório de Biologia.
Laboratório de Matemática.
Laboratório de Física.
Laboratório de Química.
Laboratórios de Informática (2).
Laboratório de Artes.
Laboratório de Ciências Sociais.